Cantlie foi sequestrado pela primeira vez em julho de 2012 com um colega holandês perto da fronteira turca, horas depois de ter entrado em território sírio. A segunda vez foi quatro meses depois, em novembro de 2012, junto com um dos jornalistas americanos decapitados, o americano James Foley.
Crédito:Reprodução John Cantlie foi sequestrado em julho e novembro de 2012
Sobre o primeiro sequestro, o jornalista disse à BBC que foi ameaçado de morte várias vezes e que os sequestradores "começaram a afiar facas para uma decapitação". "Era aterrorizante", relatou. Poucos dias depois, ele e seu colega holandês foram libertados pelos rebeldes do Exército Sírio Livre (ESL).

Na quinta-feira (18/09), o EI divulgou um vídeo com o jornalista. Na gravação, publicada no YouTube, ele está usando um uniforme laranja, semelhante ao usado pelos jornalistas decapitados recentemente, James Foley e Steven Sotloff.

Em inglês com legendas em árabe, Cantlie afirma que é mantido prisioneiro, critica o governo britânico e fala sobre novos episódios que vão revelar a verdade sobre a organização jihadista que controla parte de Síria e Iraque.